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書名：基于深度學(xué)習(xí)的生命科學(xué)

作者：Bharath Ramsundar, Peter Eastman, Patrick Walters, Vijay Pande 著

譯者：李新葉 譯

國內(nèi)出版社：中國電力出版社

出版時(shí)間：2020年06月

頁數(shù)：228

書號(hào)：978-7-5198-4594-0

原版書書名：Deep Learning for the Life Sciences

原版書出版商：O'Reilly Media

 

Bharath Ramsundar是一家區(qū)塊鏈公司Datamined的聯(lián)合創(chuàng)始人和首席技術(shù)官，該公司支持構(gòu)建大型生物數(shù)據(jù)集。Datamined旨在構(gòu)建促進(jìn)生物技術(shù)人工智能持續(xù)繁榮所需的數(shù)據(jù)集。Bharath也是Deepchem.io的主要開發(fā)人員和創(chuàng)建者，Deepchem.io是一個(gè)基于TensorFlow的開放源代碼包，利用軟件包可使更多人將深度學(xué)習(xí)應(yīng)用到藥物發(fā)現(xiàn)中。Bharath同時(shí)也是Moleclenet基準(zhǔn)套件的共同創(chuàng)建者。
Bharath獲得了UC Berkeley的電氣工程與計(jì)算機(jī)科學(xué)以及數(shù)學(xué)專業(yè)的學(xué)士學(xué)位，并在數(shù)學(xué)專業(yè)畢業(yè)班上做告別致辭。他最近在Pande group集團(tuán)支持下在Stanford University（除論文外）完成了計(jì)算機(jī)科學(xué)博士學(xué)位，獲得了Hertz獎(jiǎng)學(xué)金，這是科學(xué)界篩選最嚴(yán)格的研究生獎(jiǎng)學(xué)金。

 

 

 

Peter Eastman在Stanford University生物工程系工作，為生物學(xué)家和化學(xué)家開發(fā)軟件。他是高性能分子動(dòng)力學(xué)模擬工具包OpenMM的主要作者，也是DeepChem的核心開發(fā)人員，DeepChem是一個(gè)用于化學(xué)、生物學(xué)和材料科學(xué)的深度學(xué)習(xí)軟件包。他自2000年以來一直是一名專業(yè)的軟件工程師，曾任生物信息學(xué)軟件公司Silicon Genetics的工程副總裁。Peter目前研究興趣主要集中在物理和深度學(xué)習(xí)之間的交叉研究。

 

 

 

Patrick Walters是馬薩諸塞州劍橋市Relay Therapeutics公司計(jì)算和信息學(xué)小組的組長。他的團(tuán)隊(duì)專注于計(jì)算方法的新應(yīng)用，這些方法整合了計(jì)算機(jī)模擬數(shù)據(jù)和實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)，以提供推動(dòng)藥物發(fā)現(xiàn)計(jì)劃的見解。在加入Relay公司之前，他在Vertex Pharmaceuticals工作了20多年，擔(dān)任建模和信息學(xué)（Modeling and Informatics）全球主管。
Pat是期刊《Journal of Medicinal Chemistry》編輯咨詢委員會(huì)的成員，曾在《Molecular Informatics》和《Letters in Drug Design & Discovery》擔(dān)任過類似的角色。此后，他繼續(xù)在科學(xué)界發(fā)揮積極作用。Pat是2017年戈登計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)會(huì)議（Gordon Conference on Computer-Aided Drug Design）的主席，并參與了許多社區(qū)驅(qū)動(dòng)的評(píng)估計(jì)算方法的工作，包括NIH資助的藥物設(shè)計(jì)數(shù)據(jù)資源（D3R）和美國化學(xué)學(xué)會(huì)的TDT倡議。Pat在University of Arizona獲得了有機(jī)化學(xué)博士學(xué)位，在那里他研究了人工智能在構(gòu)象分析中的應(yīng)用。在獲得博士學(xué)位之前，他曾在Varian Instruments公司擔(dān)任化學(xué)家和軟件開發(fā)人員。Pat曾在University of California, Santa Barbara獲得化學(xué)學(xué)士學(xué)位。

 

 

 

Vijay Pande博士是Andreessen Horowitz公司的合伙人，他帶領(lǐng)該公司投資生物學(xué)和計(jì)算機(jī)科學(xué)交叉領(lǐng)域，包括將計(jì)算、機(jī)器學(xué)習(xí)和人工智能應(yīng)用于生物學(xué)和醫(yī)療保健，以及對(duì)一些新的變革性科學(xué)進(jìn)展的應(yīng)用。他還是Stanford生物工程系的兼職教授，為開創(chuàng)性的計(jì)算方法及其在醫(yī)學(xué)和生物學(xué)中的應(yīng)用提供建議，發(fā)表了200多篇論文、2項(xiàng)專利和2種新型藥物治療。
作為一名企業(yè)家，Vijay是Folding@Home 分布式計(jì)算項(xiàng)目疾病研究的創(chuàng)始人，該項(xiàng)目推動(dòng)計(jì)算機(jī)科學(xué)技術(shù)（如分布式系統(tǒng)、機(jī)器學(xué)習(xí)和奇特的計(jì)算機(jī)體系結(jié)構(gòu)）在生物學(xué)和醫(yī)學(xué)領(lǐng)域的發(fā)展和應(yīng)用，包括基礎(chǔ)研究和新療法的開發(fā)。他還共同創(chuàng)立了Globavir Biosciences公司，將他在Stanford和Folding@Home的研究成果轉(zhuǎn)化為一家成功的初創(chuàng)公司，發(fā)現(xiàn)了治療登革熱和埃博拉病毒的方法。在他十幾歲的時(shí)候，他是電玩初創(chuàng)公司淘氣狗軟件（Naughty Dog Software）公司的第一位員工，該公司是Crash Bandicoot的制造商。

 

 

本書的封面動(dòng)物是一種雄性索納拉特原雞（學(xué)名：Gallus Sonneratii），也被稱為灰原雞。物種命名為sonneratii是為了紀(jì)念法國博物學(xué)家和探險(xiǎn)家Pierre Sonnerat。索納拉特原雞原產(chǎn)于印度南部和西部，在1774年~1781年，索納拉特曾多次訪問這里?；以u的自然棲息地是森林下層和竹林，但它們可在多種環(huán)境中繁衍生息，包括森林、熱帶環(huán)境和平原。
大部分索納拉特原雞的羽毛有白色和棕色組成的美麗斑紋，其翅膀和尾巴頂端的黑色羽毛閃著藍(lán)色光澤。雄性和雌性灰原雞在許多方面有很大的不同。雄性灰原雞長約30英寸，雌性灰原雞長約15英寸；雄性灰原雞比雌性灰原雞羽毛顏色更明亮，有著光滑的尾巴、金色斑點(diǎn)，還有紅色的雞冠、腿和肉垂。雌性灰原雞的腿是黃色的，羽毛是暗褐色的。
小雞們出生后的顏色從淺棕色到米色不等。母雞通常在2月~5月期間產(chǎn)卵，一般產(chǎn)卵4~7個(gè)。它們把卵產(chǎn)在地上鋪有草和樹枝的巢中，在沒有公雞幫助的情況下獨(dú)自孵化。
索納拉特原雞是家養(yǎng)雞的祖先。它們可以與普通雞和紅色的原雞（都屬Gallus gallus）交配，生出多種雜交品種。家養(yǎng)時(shí)，應(yīng)該把它們安置在堅(jiān)固的墻壁周圍，因?yàn)樗鼈円资艿襟@嚇。它們的棕色和白色斑點(diǎn)羽毛常被漁民用來捕蠅。
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封面插圖來自Karen Montgomery，基于Wood’s Illustrated Natural History中的一個(gè)黑白雕刻。